Kobato adalah seorang gadis yang datang ke bumi untuk memenuhi keinginannya, yaitu pergi ke tempat tertentu. Untuk memenuhi keinginan itu, dia harus menemukan botol dan mengisinya dengan hati yang terluka. Bersama dengan “gurunya”, yang merupakan boneka binatang, dia mencari hati yang terluka. Namun dia mungkin tidak jatuh cinta pada orang yang dia sembuhkan hatinya.